Ko se datoteka zapiše na disk, se v poseben seznam na disku zapiše, kje na disku se ta datoteka nahaja. Poleg naslova do datoteke se v ta seznam zapiše še nekaj drugih uporabniku uporabnih podatkov, med katerimi so datum in čas nastanka, zadnja sprememba datoteke in njena velikost. Takemu seznamu pravimo imenik (ang. directoy) ali mapa (ang. folder). Imenik je torej posebna datoteka, ki vsebuje seznam datotek, pa tudi imenikov. Ker imeniki lahko vsebujejo imenike, ugotovimo, da lahko datoteke s pomočjo imenikov uredimo v drevesno strukturo in si tako olajšamo delo z veliko količino datotek. Vse imenike skupaj imenujemo drevo.
Bližnjica je posebna datoteka, ki vsebuje povezavo do imenika ali datoteke. Če izbrišemo datoteko ali imenik, na katerega bližnjica kaže, bližnjica ni več uporabna. Pozorni moramo biti torej na to, da bližnjica ni kopija datoteke ali mape, temveč nanjo le kaže.
Skrite datoteke so datoteke (ali imeniki), ki jih datotečni sistem ne prikaže uporabniku pri izpisu datotek. Skrite datoteke niso del varnostnega mehanizma, saj pred uporabnikom praviloma niso zaščitene, temveč so le »zakrite«. Skrite datoteke so običajno prikrite le zato, da ne bi s prikazom »ovirale« uporabnika.
Uporabnik lahko sicer skrite datoteke tudi »razkrije«.
S pomočjo imenikov lahko organiziramo datoteke po skupinah in tako tvorimo hierarhično (drevesno) strukturo map.
V operacijskem sistemu Windows se običajno nahaja več dreves, ki so poimenovana s črkami pogonov (c:, d:, e: ...).
V operacijskem sistemu, ki temelji na Unix-u, je samo eno drevo, saj je vsak pogon predstavljen kot datoteka (najpogosteje hda ali sda) v mapi »/dev«